实验室布局充分考虑了环境监测既有现场监测又有实验室分析的特点, 结合环境监测工作流程和程序、实验室安全、实验室专业学科功能和监测站今后的发展方向(有机、生态为主)在每个楼层分别设置了分析实验室、仪器分析室、天平室、前处理实验室和辅助功能实验室等,辅助功能实验室又包括样品间、洗瓶间、设备间等。并在每个楼层预留了一定的实验室作为今后发展之用。具体楼层分布为：

一楼: 现场监测和后勤保障室, 包括水质准备室、气质准备室、接样室、冷藏间、应急辐射监测室、化学试剂室、样品室、耗材库房、储藏间、气瓶间和计算机房;

二楼: 常规实验室, 包括样品室、质量管理监控室、设备间、流动注射室、理化室、COD 室、天平和分光光度室及部分办公室;

三楼: 常规实验室, 包括设备间、样品室、理理化室、仪器室、自动监测校准室、天平和分光光度室、嗅辩室和部分办公室;

四楼: 样品室、设备间、预处理室、土壤预处室、气相色谱室、气相色谱质谱室、TOC室、苏码罐- GC - MS室、吹扫捕集- GC - MS室、热脱附- GC - MS室、洗瓶间、天平和分光光度室, 四楼有机预处理室房间共3个, 约180m2 ;

五楼: 无机和生态室, 包括纯水机房、样品室、设备间、预处理室、石油类分析室(考虑到通风, 放在顶层) 、原子荧光仪室、离子色谱仪室、测汞仪室、原子吸收仪室、ICP - AES仪室、ICP - MS仪室、分子生物室、生物预处理室、生态室、生物培养室、生物洁净室、BOD 室和天平分光光度室。考虑到通排风和给排水的方便性, 在楼层布局时草莓APP观看视频将每一楼层主要通风设施和主要上下水管道安排在了整幢楼的两边的房间。考虑到实验室消防要满足相应要求, 实验室走廊主通道为2500mm,操作室内主通道≥ 1500mm, 操作室内次通道≥1200mm。化学分析室、样品前处理室等操作室设有桌上型洗眼器。实验室相应区域设置紧急喷淋装置。化学实验室、前处理实验室内设有安全急救箱、存放常用的急救药品。